Главный герой игры — лысый клон, киллер позывной которого «47», который был создан выдающимся учёным-генетиком доктором Орт-Мейером, в подвале бухарестской психиатрической больницы, где он работал. Для проверки возможностей 47-го действовать в реальной среде, Орт-Мейер сначала дистанционно обучает клона владеть всеми видами оружия а потом инсценирует его побег из больницы. Спустя год 47-й начинает работать на таинственное Агентство, которое предлагает услуги профессиональных киллеров по всему миру. 47-й получает четыре цели:
Ли Хонг — лидер гонконгской триады «Красный Дракон». Для того, чтобы подобраться к Ли Хону, 47-му приходится развязать между триадами Гонконга войну. Сначала он метким выстрелом с крыши убивает эмиссара «Красных драконов», приехавшего на встречу с бандой «Синих лотосов». Затем подрывает машину эмиссара «Синих лотосов», приехавшего в ресторан Ли Хона, чтобы принести извинения. Начинается война между триадами и 47-й под видом эмиссара «Красных драконов» убивает комиссара полиции, выступающего в роли посредника. Ли Хон уединяется в своём ресторане-крепости, но 47-достаёт его и там.
Пабло Белисарио Очоа — колумбийский наркобарон. Сняв дорогой костюм и надев камуфляж, 47-й отправляется в джунглиКолумбии. Здесь ему приходится помочь местному племени найти потерянного идола, чтобы получить доступ к базе Очоа. Он извлекает идола из обломков разбившегося самолёта и прорывается через оцепление наркокартеля. 47-й возвращает идола индейцам и пробирается через проход, охраняемый индейским богом-леопардом на базу Очоа. 47-й слышит жуткие истории от жителей племени, будто бы Очоа — злой дух и имеет 7 жизней. 47-й на себе ощущает правдивость этих сказок. Очоа, накачан наркотиками, и чтобы убить его, 47-му приходится потратить не один десяток патронов.
Франц Фукс — международный террорист. 47-й приезжает в Будапешт на конференцию в отеле. Именно здесь в роскошном охраняемом отеле поселилась его цель. 47-й убивает Фукса в его номере, пока тот принимает душ. Затем он убивает стоматолога-пособника Фукса, завладевает бомбой и выносит её из отеля.
Аркадий Егоров (также известен, как Борис) — успешный торговец оружием. 47-й проникает в бар, и выдав себя за покупателя оружия прицепляет маячок к машине торговцев оружием, который приводит его к их складу. Туда приезжает клоун, подчинённый Бориса. 47-й прицепляет маячок на машину клоуна, который выводит его на тайное убежище Бориса — грузовой корабль с ядерной бомбой на борту. 47-й пробирается через охраняемый порт к кораблю, истребляет Бориса вместе с клоуном, после чего, зачистив корабль, обезвреживает бомбу, которую успел взвести Борис.
Во время выполнения миссий 47-й находит письма, которые указывают на то, что все его цели были знакомы. Более того, все они служили во Французском иностранном легионе.
Последняя миссия приводит 47-го в Румынию, где он должен убить профессора Ковача. Увидев жертву 47-й узнаёт в ней «одного из людей с иголками», ставивших на 47-м опыты. Перепуганный Ковач заявляет, что во всём виноват профессор Орт-Мейер. В это время Орт-Мейер вызывает полицию. В психбольницу прибывает многочисленный отряд SWAT. 47-й вынужден спуститься в подвал, где он находит лабораторию по клонированию. По громкоговорителю доктор Орт-Мейер рассказывает 47-му всю правду о том, что он всего лишь клон. И все цели, которых он убил, были участниками проекта клонирования. Чтобы не делиться своим детищем, Орт-Мейер «заказал» их. 47-й же получился не такой, как все клоны — слишком своенравный, разумный — всё благодаря 47 хромосомам. Теперь 47-й хочет добраться до своего «отца». Но Орт-Мейер высылает на 47-го армию клонов нового типа — «48-х», бездушных, бездумно верных клонов. Однако, 47-й справляется с ними со всеми и добирается до Орт-Мейера, который, спутав его с клоном 48, подпускает его на смертельное расстояние. Игра заканчивается тем, что:
47-й не атакуя Орт-Мейера подходит к нему, тот использует электрошокер, и 47-й просыпается в подземной камере, думая, что все прошедшие события всего лишь сон.
Убить всех клонов 48-ой серии, убить Отто Вольфганга Орт-Мейера.
Игровой процесс
В отличие от множества шутеров того времени, Hitman обладает стильным и необычным стелс-игровым процессом. Игра не поощряет массовые убийства, снижая денежное вознаграждение после миссии за смерть невиновных. 47 умеет переодеваться в одежду убитого им человека, чтобы предстать перед людьми «своим». В итоге от игрока требуется не красться в тени, а теряться в толпе, убивать только в крайних случаях. Главная задача любой миссии — убить цель. И для этого обычно всегда есть множество способов, что позволяет проходить игру несколько раз.
Интересные факты
В старых видеороликах 47 одет в чёрную броню с написанным жёлтым «47» на спине. В ещё более старых роликах, на броне написано «48». Видимо, именно так изначально звали 47.